Алексей Чернов отбывал срок по «делу Гайзера» в ИК №6 по Санкт-Петербургу и Ленинградской области. Он вышел на свободу 19 сентября.

Управлением по расследованию особо важных дел СКР 18 сентября 2015 года было возбуждено уголовное дело в отношении 19 руководителей и участников предполагаемого преступного сообщества. Тогда были задержаны глава Коми Вячеслав Гайзер, его заместитель Алексей Чернов и авторитетный в Коми предприниматель Валерий Веселов. Чернову впервые избрали меру пресечения 20 сентября 2015 года.

В июне 2019 года Замоскворецкий суд Москвы признал Алексея Чернова виновным в получении взятки, особо крупном мошенничестве, отмывании преступных доходов по «делу Гайзера». Он был приговорен к девяти годам колонии строгого режима со штрафом в 160 миллионов рублей.

В 2022 году экс-чиновник попытался добиться замены части срока более мягким видом наказания, но ему отказали и в суде первой инстанции, и во второй инстанции.

В ноябре 2023 года суд признал Алексея Чернова банкротом: размер его задолженности на дату подачи заявления составлял 1,6 млрд рублей. В июне 2024 года суд продлил срок реализации его имущества.

В 2024 году Сыктывкарский городской суд начал рассматривать новое дело, фигурантом которого был также Алексей Чернов. Обвиняемыми по делу проходили и экс-зампред правительства Константин Ромаданов, бывшие руководители ЗАО «КЭС» Евгений Ольховик, Борис Вайнзихер. Алексею Чернову было предъявлено обвинение по части 4 статьи 291.1 УК (посредничество во взяточничестве). Позже по ходатайству прокуратуры обвинение было переквалифицировано на часть 4 статьи 159 УК РФ (мошенничество, совершенное организованной группой).

В конце июля этого года уголовное дело было прекращено: сторона защиты заявила ходатайство о прекращении уголовного дела за истечением срока давности уголовного преследования. Оно было удовлетворено.