Топоним признан словом женского рода.

Кандидат филологических наук, доцент кафедры русской филологии СГУ им. Питирима Сорокина Татьяна Бунчук сообщила, что недавно пополнился список нормативных словарей русского языка как государственного: добавлены 5 словарей (антонимов, паронимов, синонимов, сокращений и топонимов).

«Ну, что, поставлена точка в споре о том, как склонять Микунь!», — написала Татьяна Бунчук на своей странице во «ВКонтакте».

В словарь топонимов русского языка, который разработан Московским государственным лингвистическим университетом, попал город Микунь. Теперь утверждено, что топоним является словом женского рода, поэтому имеет соответствующие склонения — в Микуни, за Микунью.